Колледж реализует программы подготовки специалистов среднего звена, квалифицированных рабочих, программы дополнительного образования и повышения квалификации, а также программы предпрофильной подготовки.
В Петрозаводском автотранспортном колледже обучение осуществляется по следующим направлениям:
- Техника и технология строительства;
- Электро- и теплоэнергетика;
- Машиностроение;
- Прикладная геология, горное дело, нефтегазовое дело, геодезия;
- Технологии материалов;
- Техника и технологии наземного транспорта;
- Техника и технологии кораблестроения и водного транспорта;
- Экономика и управление;
- Сервис и туризм.
Есть своя автошкола с собственным автопарком учебных автомобилей для подготовки водителей транспортных средств (подкатегорий) B, C, С1, ВЕ.